Um fenômeno curioso são as chamadas iguanas híbridas, nascidas do cruzamento de uma iguana-marinha macho com uma iguana-terrestre fêmea. As iguanas híbridas podem viver tanto na terra quanto no mar. Esta espécie foi um dos animais estudados por Darwin durante sua estádia em Galápagos.
Quando está em terra firme, a iguana marinha elimina o sal marinho por suas narinas
É uma das subespécies mais ameaçadas das iguanas, e corre sério risco de extinção.
Mas estão ameaçados pela introdução de gatos, cães e ratos. Estes animais selvagens comem iguanas e seus ovos e dizimando populações jovens em muitas colônias, pelo falto de as iguanas-marinhas serem muito dóceis e não costumam deixar uma área quando molestadas.
Esta espécie também é sensível às flutuações ambientais causadas pelo fenômeno El Niño. Este fenômeno natural é causado por uma falha dos ventos alísios, resultando em um aumento na temperatura do mar de cerca de 4,3 graus Celsius, juntamente com um aumento do nível do mar e precipitação. Em média, o El Niño ocorre a cada 12,3 anos, embora o evento de 1982-1983 foi o mais grave para cerca de 100 anos. As flutuações ambientais e na sequência da invasão de uma alga excluídas da alimentação normal da iguana-marinha, causando a morte de 50 por cento da população.
Os derrames de petróleo e poluição marinha também são graves ameaças, eles destroem reservas alimentares e as praias de nidificação. Um derrame de petróleo de um navio petroleiro equatoriano em janeiro de 2001 derramou milhões de litros de óleo e combustível para as águas das Ilhas Galápagos. No ano seguinte, cerca de 15.000 iguanas na Ilha de Santa Fé morreram sozinhas, mais de 60 por cento da população da ilha inteira. Os cientistas acreditam que o petróleo pode ter matado as bactérias que as iguanas precisam para ajudar a digerir as algas, tornando impossível para elas absorverem os nutrientes. Felizmente, iguanas podem aumentar sua taxa de reprodução, quando as densidades populacionais são baixas (como após eventos de El Nino), e, portanto, pode potencialmente se recuperar de desastres, em certa medida.
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